Щорічник було засновано в 2001 році з нагоди 10-ї річниці незалежності України та 80-річчя Запорізького обласного краєзнавчого музею. Протягом багатьох років «Музейний вісник» знайомить читачів з окремими проблемами історії, краєзнавства, природознавства, музеєзнавства, поповнення музейних збірок, реставрації і збереження колекцій, історії музейної справи та бібліографії етнологів, археологів, істориків та краєзнавців Запоріжжя, України та навіть зарубіжжя. Тематика робіт охоплює період від доби каменю до новітнього часу. За тринадцять років у щорічнику опубліковано близько 250 статей 115 авторів з України, Росії, Молдови, США і Бразилії.

   Авторський склад «Музейного вісника» та географія розширюється з кожним новим випуском, на сторінках якого вміщуються матеріали як відомих дослідників, так і початківців краєзнавців. Серед авторів співробітники Запорізького краєзнавчого музею, музейних закладів області та інших областей держави, Національного заповідника «Хортиця», Запорізького, Дніпропетровського, Харківського національних університетів, Запорізького національного технічного університету, місцевих краєзнавців, істориків, служителів церкви, а також співробітники Інституту археології НАН України, Інституту історії НАН України та ін.

​   Належний науково-теоретичний рівень видання сприяв тому, що у 2007 році «Музейний вісник» внесено до переліку фахових видань ВАК України в галузі історичних наук.