Музей історії запорізького козацтва національного заповідника “Хортиця” відкритий 14 жовтня 1983 року як Музей історії м. Запоріжжя.
Протягом кінця 80-х - початку 90-х рр. ХХ ст., на хвилі національного піднесення та проголошення незалежності України, заклад перепрофільовано в Музей історії запорізького козацтва.
Фондова колекція музею комплектувалася на матеріалах, переданих із Львівського, Луганського, Ровенського та інших музеїв, а також їз надходжень археологічних та етнографічних експедицій.
На сьогоднішній день в музеї зібрано понад 32 тис. музейних предметів.
Експозіційна площа музею становить 1600 кв. м. Тут відкрита постійно діюча експозиція, 3 діорами, організовуються виставки, присвячені історії запорізького козацтва.